甲醛固定石蜡包埋组织中DNA的三种提取方法比较

核酸的分离、纯化是分子生物学研究中最重要、最基本的的技术,制备基因组DNA是进行基因结构和功能研究的首要步骤,其基本思路是选用一定的物理或化学方法对具有不同理化性质的生物大分子进行分离。现有的 DNA 提取与纯化方法一般只适用于新鲜材料 ,然而世界上绝大多数组织样品是使用福尔马林固定石蜡包埋(Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded,FFPE)的方法处理的,FFPE基因组DNA 的提取至今未能彻底解决。 FFPE组织提取DNA的方

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文章编号:100126325(2004)0320335204

甲醛固定石蜡包埋组织中DNA的三种提取方法比较

田子强,刘俊峰,张少为,李保庆,王福顺,曹富民,张月峰

(河北医科大学第四医院胸外科,石家庄050011)

摘要:为了寻找最佳的自普通10%甲醛固定石蜡包埋组织中提取DNA的方法,取我院2000年手术切除的10%甲

醛固定石蜡包埋的食管癌标本10例,分别以蛋白酶K消化酚氯仿抽提法,蛋白酶K消化氯化钠盐析法和不同pH值下加热提取法提取其DNA,然后进行电泳和PCR扩增分析。结果显示,蛋白酶K消化酚氯仿抽提法,蛋白酶K消化氯化钠盐析法所得DNA产量和质量均高于不同pH值下加热提取法。从而认为蛋白酶K消化氯化钠盐析法简便快捷,不用接触有毒的化学药品,是理想的DNA提纯方法。

关键词:DNA提取;PCR;石蜡包埋组织;10%甲醛固定组织

中图分类号:R36112　　文献标识码:A

　　10%甲醛固定手术标

本已有数十年的历史,10%证明普通10%解相对严重DNA更加困难,10%甲醛固定石蜡包埋组织中提取DNA的最佳方法:

100乙醇ΠLDNA,干燥后

。11另取相应10例标本各1管消化方法同前,盐析

[2]

法参照Howe(1997)报道的方法,主要过程是向消化溶液中加入等体积3molΠLNaCl,混匀后冰浴10min沉淀蛋白,然后离心取上清,用100%乙醇,3molΠL醋酸钠及糖原析出DNA,干燥后适量TE液溶解。

114　不同pH值下加热提取法

1　材料与方法

111　取材

随机选取我院2000年手术切除的10%甲醛固

定石蜡包埋后在通风干燥处妥善保存的食管癌标本10例,仔细检查无霉菌和细菌污染后,常规切片HE染色,显微镜下观察确保组织结构清晰,无自溶,坏

μ死和大片出血后,切取10m厚切片,每2片放入一个115mL无菌管中,每例标本共取28片,分别放入

14个无菌管中。112　蛋白酶K消化酚氯仿抽提法

取相应10例标本各1管提取DNA,参照Sam2

[1]

brook(1989)的方法,主要步骤为二甲苯脱蜡后,向

μμ管中加入500L的TES溶液,30L蛋白酶K(10gΠL)μ溶液,30L20%的SDS,混匀后56℃旋转消化72h,每24h加入等量蛋白酶K一次。消化结束后,用酚

氯仿异戊醇抽提两次,再用氯仿抽提一次,然后用

收稿日期:2003-05-26　　修回日期:2004-02-16

方法参照Shi(2002)报道的方法。制备自pH7

至pH12的标准缓冲液,分别向剩余的每例12管标

μ本中加入500L的不同pH值的缓冲液,每个pH值的缓冲液加入到两个管中,混匀后分为两组,一组在100℃加热器上加热20min,一组在高压蒸气锅中以120℃加热20min。然后凉至室温,以酚氯仿抽提法

[3]

提取DNA,方法同前述。

115　DNA质量鉴定

先以紫外分光光度仪(PharmaciaBiotech公司,USA)测定所得样本的DNA产量,260nm和280nm紫外吸收值(OD260和OD280)及OD260ΠOD280。然后以500ng样本在1%琼脂糖凝胶中进行电泳分析,以TFM226型紫外线透照成像系统(Pathtech公司,USA)

进行图像处理。

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